Majelis Tarjih membedakan dua hal. Pertama, qunut dalam arti asalnya — berdiri lama untuk membaca ayat Al-Qur'an dan berdoa di dalam shalat — hukumnya masyru' (ada tuntunannya). Kedua, qunut dalam arti khusus yang berkembang dalam sejarah fikih, yaitu "berdiri sementara" pada rakaat kedua shalat Subuh sesudah ruku' dengan membaca doa Allahummahdini fiman hadait, tidak dibenarkan dan tidak dituntunkan, karena dalilnya lemah.

Bunyi putusan tersebut secara harfiah:

"1. Majelis Tarjih berpendapat bahwa qunut dengan arti berdiri lama untuk membaca dan berdo'a dalam shalat, itu masyru' (ada tuntunannya).
2. Majelis Tarjih tidak membenarkan atau berpendapat adanya pengertian qiyam di atas dikhususkan untuk qunut Shubuh yang sudah dikenal dan diperselisihkan hukumnya."

Alasan yang dikemukakan: "Setelah diteliti kumpulan macam-macam hadits tentang qunut, maka Muktamar berpendapat bahwa QUNUT sebagai bagian daripada shalat, tidak khusus hanya diutamakan pada shalat Subuh"; bacaan Allahummahdini fiman hadait "dalam shalat Subuh itu haditsnya tidak shahih"; dan "Penerapan hadits riwayat Hasan tentang do'a ... Untuk khusus dalam QUNUT SUBUH, tidak dibenarkan."

Perkembangan lintas naskah. Posisi ini konsisten sejak putusan Muktamar Tarjih di dalam HPT, lalu dikutip ulang dan diperkuat pada 2004, 2014, dan 2015:

• Fatwa 16/2004 mengutip ringkasan HPT halaman 367–368 dengan tiga poin yang sama.
• Fatwa 21/2014 menegaskan: "Sedangkan untuk Qunut Subuh, Muhammadiyah berpendirian bahwa qunut yang dilakukan khusus pada saat shalat subuh tidak dibenarkan karena dalilnya lemah."
• Fatwa 07/2015 memperjelas sisi sanad: bacaan Allahummahdini fiman hadait "sanadnya dhaif karena terjadi keterputusan pada perawi Muhammad bin Ali" — yaitu Muhammad bin Ali (Abu Ja'far al-Baqir) lahir tahun 56 H sedangkan Hasan bin Ali wafat tahun 50 H, sehingga keduanya tidak bertemu.
• Fatwa Kunut Nazilah (disidangkan 2020, halaman bertahun 2021) menegaskan bahwa "kunut pada shalat Subuh tidak masyru' kecuali ada nazīlah yang mengharuskan kunut", dan mengutip pendapat Ahmad dan Ishak bahwa Nabi "tidak melaksanakan kunut pada shalat Subuh melainkan ketika ada nazilah yang menimpa kepada kaum muslimin".

Satu catatan praktis dari Fatwa 07/2015: karena masalah ini khilafiyah, seorang makmum yang meyakini qunut Subuh tidak dituntunkan "boleh tidak membacanya meskipun imam membacanya", dengan tetap tidak mendahului gerakan imam — "ketika imam membaca doa qunut makmum cukup mendengarkan dan tetap berdiri seperti berdirinya imam."

Qunut sebagai thulul qiyam (berdiri lama dalam shalat) disyariatkan, berdasarkan hadis Jabir:

عَنْ جَابِرٍ أَنَّ النَّبِيَّ صَلَّى اللهُ عَلَيْهِ وَسَلَّمَ قَالَ: أَفْضَلُ الصَّلاَةِ طُوْلُ الْقُنُوْتِ. [رواه مسلم وأحمد وابن ماجه والترمذى وصححه]

"Shalat yang paling utama adalah berdiri lama (untuk membaca dan berdoa)." [HR. Muslim, Ahmad, Ibnu Majah, dan at-Tirmidzi] — Kitab Shalat Bagian 04 Qunut, Fatwa 21 2014 Qunut Bagian Dari Shalat Atau Bukan

Keterangan bahwa yang ada tuntunannya adalah qunut nazilah (dikala kaum muslimin ditimpa kesusahan), bukan qunut khusus Subuh — Tanya Jawab Agama 4 Masalah Bacaan Dalam Shalat, Tanya Jawab Agama 2 Masalah Shalat Fardhu Dan Sunat